有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養就是要定期地進行ATCC菌種轉接、培養后再保存，它是基本的微生物保存法，例如酸奶等常用菌種的保存。

 傳代保存時，培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養溫度通常以稍低于適生長溫度為好。若為產酸ATCC菌種，則應在培養基中添加少量碳酸鈣。

  一般地，大多數菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物菌種則可以使用37℃進行保存，而蕈類等大型食用菌的ATCC菌種則可以室溫直接保存。

傳代培養保存法雖然簡便，但其缺點也很明顯，如：

① ATCC菌種管棉塞經常容易發霉；

② 菌株的遺傳性狀容易發生變異；

③ 反復傳代時，菌株的病原性、形成生理活性物質的能力以及形成孢子的能力等均有降低；

④ 需要定期轉種，工作量大；

⑤ 雜菌的污染機會較多。